Program Magister Teologi mulai dirintis sejak IKIP Sanata Dharma berubah menjadi Universitas Sanata Dharma pada tahun 1993. Ijin penyelenggaraan Program Magister Teologi diperoleh pada tanggal 11 Mei 1995 berdasarkan SK Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia, nomor 117/DIKTI/Kep./1995.
Program Magister Teologi Universitas Sanata Dharma dimaksudkan untuk mengembangkan suatu studi lanjut di bidang teologi dengan memberi penekanan pada konteks masyarakat Indonesia yang diwarnai oleh keragaman agama dan budaya. Dalam konteks masyarakat semacam itu studi lanjut teologi memberikan kesempatan untuk memadukan pemikiran etis-religius dalam terang iman kristiani dengan pergulatan nyata masyarakat Indonesia.
Setelah 5 tahun berjalan Program studi ini mendapatkan Akreditasi dengan peringkat Unggul (U) dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia berdasarkan Surat Keputusan no. :00229/Ak-1-25/USD/THE/IX/2000, tanggal 10 September 2000. Reakreditasi I dijalankan pada tahun 2008 dan Program Studi ini mendapatkan Peringkat A berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 008/BAN-PT/Ak-VI/S2/VIII/2008, tanggal 14 Agustus 2008. Reakreditasi II telah diselenggarakan pada tanggal 20 Juni 2014 dan Program Studi ini mendapatkan peringkat B berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Republik Indonesia Nomor: 276/SK/BAN-PT/Akred/M/VIII/2014, tanggal 9 Agustus 2014. Pada tahun 2019, Program studi mengajukan reakreditasi III dan berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT No. 3511/SK/BAN-PT/Akred/M/IX/2019 Program Studi Magister ini mendapatkan peringkat B.
Mulai Tahun Akademik 2019-2020 ini, Program Magister Teologi pada Fakultas Teologi Universitas Sanata Dharma Yogyakarta menawarkan 4 bidang konsentrasi, yaitu: Teologi Biblis, Teologi Dogmatik, Teologi Moral dan Teologi Pastoral.
Sejak Tahun Akademik 2020-2021, nama Program Studi Magister Teologi berubah menjadi Program Studi Magister Filsafat Keilahian (Master of Divinity Program) sesuai dengan nomenklatur program studi terbaru yang dikeluarkan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia No 257/M/KPT/2017.
Visi
Visi Program Studi Magister Filsafat Keilahian adalah menjadi Prodi Magister yang unggul dalam pengembangan kajian filosofis-teologis melalui pengelolaan riset inter atau multi disipliner yang menghasilkan sumbangan inovatif demi terciptanya masyarakat manusia Indonesia yang bermartabat.
Misi
Misi Program Studi Magister Filsafat Keilahian dapat dirumuskan sebagai berikut:
Tujuan
Tujuan penyelenggaraan Program Magister Filsafat Keilahian secara konkret adalah:
Sasaran
Sasaran pokok Program Studi Magister Filsafat Keilahian adalah munculnya para alumni yang mampu bekerja mandiri, memahami realitas masyarakat dari perspektif iman dan moral, dan memberikan sumbangan pencerahan keilmuan etis dan religius bagi kehidupan bersama. Program Studi membantu para peserta didik untuk merumuskan sumbangan etis teologis terhadap realitas masyarakat, dalam dialog dengan agama dan kebudayaan Indonesia.