Berdasarkan SK MenRistekDikti No. 24/M/Kp/III/2015 tanggal 20 Maret 2015 tentang izin penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Matematika Program Magister pada Universitas Sanata Dharma di Kabupaten Sleman, yang diselenggarakan oleh Yayasan Sanata Dharma di Kabupaten Sleman, dinyatakan memenuhi persyaratan akreditasi minimal. Setelah melakukan akreditasi untuk kedua kalinya maka saat ini Magister Pendidikan Matematika (S2 PMat) USD dinyatakan Terakreditasi Unggul oleh LAMDIK dengan nomor 683/SK/LAMDIK/Ak/VI/2023 yang berlaku dari 27 Juni 2023 hingga 26 Juni 2028.